La chiesa nacque fuori le mura poichè probabilmente a servizio del primo cimitero dell'insediamento cittadino (V secolo circa): si ritiene infatti che la cripta fosse l’originaria protezione della tomba del martire Ambrogio.
Nel IX secolo circa la Chiesa fu riedificata con il nome di San Francesco, che divenne San Francesco Vecchio dopo che fu costruita l'attuale chiesa di San Francesco (1254).

Nel 1327 la chiesa era amministrata da Monache Francescane: si tramanda l’usanza di accogliere qui i legati a latere (cardinali in rappresentanza del Papa) ed accomodare le loro necessità prima dell’ingresso in città, dato che la Chiesa sorgeva sulla via Latina (poi dal Medioevo Via Casilina).

Nel 1581 viene segnalata in condizioni di grave degrado, così nel 1617 fu la volta dei Frati Minori Osservanti, che avevano una sede poverissima nel Borgo S. Agata.

La Chiesa medioevale fu riedificata in stile barocco nel 1755,  consacrata nel 1770.
Nel 1876 fu data al Comune, e dal 1908 è sede dei Servi della Carità di Don Guanella.

Nel 1944, gli Alleati bombardarono la via Casilina (cruciale arteria tra Roma e Capua) distruggendo gran parte dei resti medievali: rimase in piedi il campanile in stile romanico (XIII sec.), la facciata (XVIII sec.), parte del convento francescano e la cripta.

Nella ricostruzione postbellica si realizzò una singola navata con volta a botte, e solo recentemente si è svuotata la cripta dai detriti. 

Oggi la Chiesa è dedicata alla martire siciliana Agata, evi è particolarmente venerata l'immagine del Crocifisso in legno del 1669, opera di Fra Vincenzo da Bassiano.

ENG
The church was probably built to serve the first cemetery of the settlement (5th century circa): this could have been the first tomb of the martyr Ambrose, patron of the city.
In the 9th century, the Church was rebuilt with the name San Francesco.

It is stated in documents that in 1327 the Franciscan Nuns welcomed here papal legates, to accomodate their needs before letting them enter the city.

In 1581 the Church was described as a dilapidated building.
In 1617 was the time for the Observant Minor Friars in 1617, that were living in the  hublest houses of the medieval hamlet of Sant’ Agata.

The medieval church was finally rebuilt in the Baroque style since 1755, then sanctified in 1770.
In 1876 it was managed by the municipality and since 1908 it is the house of Don Guanella’s Servants of Charity.

In 1944, the Allies bombed Via Casilina (a crucial road between Rome and Capua) destroying a large part of the medieval remains: only the bell tower in the Romanesque style (13th century) was still standing, with part of the facade (18th century), a side of the Franciscan convent and the crypt (whose trapdoor under the altar has since been closed).

In the post-war reconstruction, a single nave with a barrel vault was built, and only recently has the crypt been emptied of debris.

Nowadays the Church is dedicated to the sicilian martyr Agata. The wooden image of the Crucified Christ  is ?? the subject of a great celebration: it is the work of Friar Vincenzo from Bassiano (1669).